Per catturare Deoxys in Pokemon SoulSilver Version, i giocatori devono trasferire Deoxys a Pal Park da Ruby, Sapphire o Emerald Version. L'unico modo per far entrare Deoxys in Pal Park è usare un gioco salvato esistente e trasferisci il Pokemon in Pal Park usando lo slot GameBoy Advance sul Nintendo DS.
Per catturare Deoxys in HeartGold o SoulSilver Version, i giocatori devono prima aver catturato Deoxys in Ruby, Sapphire o Emerald Version. Il carrello di gioco di GameBoy Advance con il gioco salvato su di esso dovrebbe essere inserito nello slot GBA su un Nintendo DS o DSLite. La versione di HeartGold o SoulSilver dovrebbe quindi essere inserita nello slot cart DS e il gioco deve essere avviato.
Secondo Bulbapedia, l'unico modo per catturare Deoxys è incontrarlo a Pal Park. Pal Park stesso può essere raggiunto solo con l'uso di HM03 (Surf). Anche dopo che i giocatori hanno raggiunto Pal Park, non potranno entrare finché non avranno riempito l'intero Pokédex Sinnoh e avranno ottenuto il Pokédex nazionale.
Una volta che il Pokédex nazionale è in possesso, i giocatori devono andare al parco e parlare con il Professor Oak sulla Route 221. L'opzione "Migrate From" dovrebbe essere selezionata nella schermata del menu principale, e ci sarà quindi l'opportunità di scegliere Pokemon da importare dal gioco GameBoy Advance. Una volta selezionato Deoxys, verrà rilasciato in the wild.
Dopo aver rilasciato Deoxys nel Pal Park, i giocatori devono semplicemente girovagare nell'area finché non lo incontrano. Catturarlo è un processo semplice, in quanto lo speciale Park Ball ha un tasso di cattura del 100 percento.
È importante notare che una volta che Deoxys viene trasferito fuori dal gioco GameBoy Advance, non sarà più accessibile su quel carrello.