Ci sono molti server "Minecraft" dedicati al mod pack Pixelmon, ognuno con i suoi vantaggi. Per giocare, devi prima installare il mod mod Pixelmon tramite il caricatore di moduli Technic Launcher o Forge, quindi scegliere un server da unire.
Il mod pack Pixelmon altera il gioco di "Minecraft" per creare un ibrido con il gioco "Pokémon". Agli utenti iniziali viene richiesto di scegliere un Pokémon iniziale e quindi viene data la possibilità di combattere e catturare altri Pokémon. Le Poké Ball sono realizzate usando Apricorn, lingotti di ferro e bottoni di pietra. Per combattere con un Pokémon selvaggio o un altro allenatore, lancia una Poké Ball e colpisci l'avversario desiderato. Questo apre il menu di battaglia.
Quando entri in un server Pixelmon, emergono nuove opzioni per giocare. Il commercio diventa disponibile, così come eventi, concorsi e compilazioni di gruppi. Alcuni server personalizzano ulteriormente il gioco rimuovendo danni da caduta, fame e mob naturali "Minecraft". Altri server si concentrano maggiormente sull'ambiente e creano strutture elaborate per i PokéCenters e le palestre. A partire dal 12 luglio 2015, i primi tre server Pixelmon su Pixelmonservers.com sono DestinyMC, RC-Pixelmon e PPMC Pixelmon Network.
Molti server Pixelmon ad alto volume offrono servizi a pagamento, come un aumento del rank dei giocatori o dei rari oggetti di gioco. Queste offerte e commissioni variano.