Il programmatore svedese Markus Persson ha originariamente creato "Minecraft" come progetto per un fine settimana nel maggio 2009 utilizzando semplici strumenti di codifica. Ha costruito su questa base per un ciclo di sviluppo di 30 mesi. Persson ha ingaggiato altri programmatori e ha creato lo studio di gioco Mojang per assistere nel processo di creazione dopo che il passaparola positivo ha reso le versioni evolutive del gioco un successo in fuga.
Persson, che è anche conosciuto per il suo Internet handle Notch, è stato ispirato a creare "Minecraft" dopo aver sperimentato il gameplay emergente e profondo di un programma chiamato "Fortezza dei Nani". Rendendosi conto che la "Fortezza dei Nani" era caratterizzata da una grafica primitiva, ASCII, Persson decise di creare un gioco open-world simile, più visivamente interessante, ruotando attorno a una scelta di giocatori apparentemente illimitata. Questo genere di gioco è diventato noto come un gioco sandbox a causa del modo in cui i giocatori vengono virtualmente lasciati cadere in un piccolo mondo per costruire tutto ciò che possono immaginare.
Persson ha caricato le prime versioni di "Minecraft" ai forum di progettazione di giochi gratuiti. Nel corso di alcuni mesi, ha continuato ad aggiungere funzionalità al programma e ha iniziato a caricare una tassa nominale per scaricare quello che ha chiamato una versione alfa del titolo. Mentre diventava sempre più popolare, Persson assunse programmatori e personale per continuare lo sviluppo di "Minecraft".
Persson e Mojang hanno continuato lo sviluppo di "Minecraft" nei successivi due anni in una fase beta a pagamento estesa durante la quale il titolo ha venduto 4 milioni di copie. Nell'inverno del 2011, Mojang ha annunciato che "Minecraft" era completo e fuori beta, ma lo studio ha continuato ad aggiungere funzionalità e iterazioni delle modalità di gioco esistenti anche dopo aver rilasciato una versione finale. Le versioni di "Minecraft" sono state anche convertite in console, tablet e smartphone, allargando la base di giocatori del gioco.
