L'Istituto meteorologico di Pokémon Emerald si trova sulla Route 119. Come ufficio per la regione di Hoenn, controlla le condizioni meteorologiche in tutta la regione.
Quando il giocatore arriva per la prima volta all'istituto, il giocatore scoprirà che è stato invaso da Team Aqua o Team Magma per cercare informazioni sul leggendario Pokémon Kyogre (Team Aqua) o Groudon (Team Magma) e il raro Pokémon Castform. Dopo che il giocatore ha sconfitto la squadra che ha invaso l'istituto, un meteorologo assegnerà il giocatore a Castform.
Il principale progetto al Weather Institute è una macchina meteorologica che consente all'istituto di controllare il clima nelle aree della regione di Hoenn. Il primo piano ha un PC e un letto dove il giocatore può riposare. Il secondo piano è dove si trovano le postazioni di lavoro dell'istituto, ed è anche l'area in cui lo staff è radunato dalla squadra di invasori.
