Gli esagoni si verificano in natura in molti luoghi, come le celle ad incastro di un alveare e i cristalli di un fiocco di neve. I gusci di tartaruga sono spesso coperti da segni esagonali. The Giant's Causeway in Scotland è una caratteristica geografica composta da 40.000 colonne esagonali di basalto. Gli esagoni sono comunemente usati per piastrelle, pietre da pavimentazione e altri rivestimenti per pareti e pavimenti, mentre i pannelli solari sono spesso costituiti da griglie esagonali.
La presenza naturale degli esagoni è dovuta al modo efficiente in cui la forma esagonale fa uso dello spazio. L'esagono è uno dei soli tre poligoni regolari che si incastrano per coprire una superficie piana senza spazi vuoti, gli altri due sono il quadrato e il triangolo equilatero.
Poiché un esagono ha più lati di un quadrato o di un triangolo, la sua area ha un perimetro fisso più compatto di entrambi. Ciò significa che le celle esagonali del nido d'ape utilizzano la minor quantità di cera necessaria per racchiudere la massima quantità di spazio, senza sprecare spazio tra le celle.
Una disposizione esagonale consente anche il confezionamento denso di oggetti circolari. Ad esempio, le biglie collocate in un piatto arrotondato si dispongono naturalmente in una forma esagonale, con sei biglie raggruppate attorno a un marmo centrale.
