"Pokémon Giallo" contiene molti segreti, inclusi Pokémon speciali, tecniche nascoste e oggetti segreti. A differenza di "Pokémon Rosso" o "Pokémon Blu", è possibile acquisire tutti e tre i Pokémon iniziali. Per ottenere Squirtle, i giocatori devono prima battere Lt. Surge. Poi, devono trovare l'agente Jenny nel centro della città; lei offre i potenti Pokémon acquatici.
Charmander può essere trovato andando a Cerulean City e sconfiggendo i cinque istruttori sul ponte verso nord. Dopo aver battuto i trainer, i giocatori possono dirigersi verso la prima passerella quadrata e parlare con l'uomo lì; rinuncia a un Charmander. Bulbasaur si trova anche nella città di Cerulean. I giocatori possono andare alla casa accanto al Centro Pokémon per incontrare Melanie, che si prende cura dei Pokémon feriti. Se Pikachu è felice, Melanie offre il suo Bulbasaur al giocatore. Se Pikachu non è felice, i giocatori possono dare a Pikachu cinque pozioni di fila e poi parlare di nuovo con Melanie.
Per trovare il leggendario Zapdos, i giocatori dovrebbero usare la tecnica Surf per andare in acqua vicino al Rock Tunnel. Devono seguire il flusso verso la centrale elettrica per localizzare Zapdos vicino all'uscita. Per trovare la tecnica Mimic nascosta, un giocatore deve prima acquistare un Pokédoll al Celadon Mart. Poi, deve andare a Saffron City e parlare con il Copycat, che condivide la rara tecnica. A Celadon City, i giocatori possono controllare l'angolo del gioco per trovare alcune monete segrete. Possono girare intorno e premere ripetutamente "A" per trovare queste monete sul pavimento.
