Mega Bloks sono generalmente pienamente compatibili con LEGO. I mini mega blok sono compatibili con i blocchi Duplo e standard di LEGO ei loro maxi blocchi sono compatibili con Duplo.
Mentre sono compatibili, alcune critiche affermano che Mega Bloks è un marchio di qualità inferiore rispetto a LEGO. A causa della qualità inferiore, sono presenti incoerenze nei perni e fori Mega Bloks che non consentono sempre la compatibilità con LEGO. La compatibilità funziona meglio quando i mattoni sono stratificati direttamente l'uno sopra l'altro in modelli 3D costruiti. LEGO è considerato un prodotto più durevole, ma i Mega Bloks sono molto meno costosi.
