Alcuni dei personaggi Pokémon più popolari includono Pikachu, Mewtwo, Squirtle, Charmander e Bulbasaur. Questi Pokémon si classificano molto tra i fan e sono tutti presenti nei film e nei programmi TV della serie.
Facilmente il personaggio più iconico della serie, Pikachu è il Pokémon ammiraglia e la mascotte originale del franchise. Il piccolo roditore elettrico è inseparabile da Pokémon stesso ed è uno dei pochi personaggi che possono essere riconosciuti anche da coloro che non conoscono la serie. Anche se i fan più accaniti potrebbero non apprezzare la sua eccessiva saturazione, non si può negare la popolarità di Pikachu.
I Pokémon più rari e potenti delle incarnazioni "Red" e "Blue" originali della serie, la popolarità di Metwo è stata assicurata dall'inizio della franchigia. Un potente Pokémon psichico, Mewtwo è nascosto nel profondo del Dungeon sconosciuto, un'area che diventa accessibile solo dopo che i giocatori hanno completato il resto del gioco. La fama di Mewtwo ha portato all'apparizione in altri media, tra cui il primo film Pokémon e il popolare gioco di combattimento Nintendo "Super Smash Bros".
I giocatori iniziano la versione originale dei Pokémon scegliendo uno dei tre Pokémon base: Bulbasaur, Squirtle o Charmander. Rappresentando tre dei principali tipi elementali della serie, erba, acqua o fuoco, i Pokemon originali "starter" evolvono in alcune delle creature più potenti del gioco. La loro storia, l'utilità e le prominenti apparizioni nella serie TV originale di Pokémon fanno di Bulbasaur, Squirtle e Charmander tre dei Pokémon più popolari in circolazione.
