"IGI-2: Covert Strike" contiene 19 missioni per giocatore singolo che vanno dalla sorveglianza segreta e fughe a rapine e assalti su larga scala. Le missioni si verificano in una vasta gamma di interni ed esterni posizioni. Il giocatore deve scegliere come si avvicina e completa ogni missione.
Ogni missione ha un obiettivo e ci sono più percorsi disponibili per raggiungere ognuno di questi obiettivi. Poiché il giocatore è in inferiorità numerica in tutte le missioni, gli approcci furtivi sono solitamente i più efficaci, ma ogni giocatore può scegliere il modo in cui desidera giocare su base missione per missione. I livelli di difficoltà sono impostati all'inizio di ogni partita, e le scene tagliate precedono e seguono ogni missione per raccontare la storia del gioco.
