Bobby Jones aveva una moglie, Mary Rice Jones e tre figli, Robert Jones III, Mary Ellen e Clara. Il figlio di Bobby Jones, Robert III, è morto per un fatale attacco cardiaco solo due anni dopo che Bobby Jones era morto per la siringomielia della malattia della colonna vertebrale.
Jones ha anche un nipote di nome Robert Tire Jones IV. Robert Jones IV ha figli, ma il suo figlio maggiore morì improvvisamente. Robert Jones IV ha un master in divinità e un dottorato in psicologia. Pratica psicologia vicino ad Atlanta.
Jones era un devoto battista e insegnava la scuola domenicale, ma sua moglie era una devota cattolica. La coppia ha cresciuto i loro figli nella fede cattolica, ma Robert III ha sposato un metodista, secondo Faith Magazine. Bobby Jones sposò Mary Rice nel 1924. Robert Jones III giocò a golf e vinse l'Atlanta City Championship.
