Il software che utilizza la codifica Java è considerato un file binario, o eseguibile, che viene eseguito fuori dalla piattaforma Java. La parte SE sta per Standard Edition, che viene comunemente installata sui computer per fornire la piattaforma Java per applicazioni e giochi basati sul Web come "Minecraft".
I programmatori che usano Java creano software e programmi usando il linguaggio di codifica, ma molti programmi richiedono anche che Java sia installato sul computer dell'utente. Il software Java installato fornisce la piattaforma per l'esecuzione del codice. Il software deve avere determinati componenti previsti sul computer per funzionare correttamente. I problemi derivanti dai binari Java richiedono spesso la rimozione delle vecchie versioni di Java, poiché il software creato per utilizzare la piattaforma potrebbe richiedere funzionalità presenti nelle versioni più recenti.
