I file BIOS come ROM1.bin e SCPH1000.bin devono essere collocati nella stessa cartella in cui sono salvate le ROM per far funzionare PS2emu. I BIOS sono necessari per far funzionare qualsiasi emulatore PS2. BIOS significa "sistema di input /output di base" e sono utilizzati in più di semplici emulatori PS2.
Sono disponibili più file BIOS per gli emulatori PS2. Questo include SCPH1000.bin, SCPH100.bin e SCPH7003.bin. I giocatori hanno bisogno solo di uno di questi file per far funzionare un emulatore PS2. Ogni file BIOS è correlato a una regione diversa in cui è stata rilasciata la PS2. Ad esempio, SCPH1001.bin è il file BIOS per PS2 rilasciato in America, mentre SCPH1000.bin e SCPH7003.bin sono rispettivamente per le versioni giapponesi ed europee.