L'obiettivo principale di Skip-Bo Junior è quello di sbarazzarsi di tutte le carte nella riserva individuale di un giocatore. Ogni giocatore ha una scorta di carte, di solito 10 a meno che non si giochi una partita più lunga e tre le carte vengono piazzate scoperte di fronte al giocatore attivo. Questo diventa la sua mano per quel round.
I giocatori girano la carta in cima ai loro mazzi di scorta. Poiché l'obiettivo è quello di sbarazzarsi di quella pila prima, un giocatore dovrebbe sempre provare a giocare quella carta prima. Ci sono quattro pile di edifici nel centro del gioco. Ogni giocatore può giocare su qualsiasi pila dell'edificio. Queste pile iniziano con una "1" o una "?" carta, che è una jolly e può essere giocata come qualsiasi numero. Ogni carta viene poi giocata in sequenza fino a 10. Se un giocatore non ha un "1" o un "?" che può essere giocato, il turno viene passato al giocatore successivo.
Dopo ogni turno, il mazziere distribuirà altre tre carte alle pile della mano. Solo le prime carte possono essere giocate. Una volta giocata una carta da una delle pile, la carta sottostante diventa attiva e può essere utilizzata. Il gioco continua fino a quando un giocatore gioca tutte le carte nella sua scorta.