Poiché è un Pokemon di tipo rock /volante, Aerodactyl ha debolezze naturali per gli attacchi di roccia, acciaio, acqua, ghiaccio ed elettrico. Questi elementi infliggono il doppio del danno normale causato a un Pokemon che resistenza zero e zero debolezza per loro.
L'aerodattilo ha un'alta difesa naturale perché è un tipo di roccia. Inoltre, essendo un tipo di volo dà la totale immunità agli attacchi a terra. Questa combinazione lo rende uno dei pochi tipi di volo con un'ottima difesa generale e una buona quantità di resistenze, ma la maggior parte dei tipi, come fata, oscurità e psichica, che infliggono danni completi sono altrettanto numerosi e rendono Aerodactyl suscettibile di status disturbi.
