Le rare carte Pokemon includono la carta olografica Charizard della prima edizione, la carta olografica pre-rilascio Raichu e la scheda Pikachu di Illustrator. Le carte Charizard e Raichu sono state entrambe rilasciate in serie, mentre l'Illustratore Pikachu era una carta promozionale.
La prima carta olografica Charizard è arrivata nel primo set di carte Pokemon. Una versione senza ombre della scheda, che non ha lo smusso standard ombreggiato nell'immagine principale, è la versione più rara e più preziosa. Versioni senza ombre della carta con un voto alto grado valgono oltre $ 1.000, a partire dal 2015.
La carta pre-rilascio Raichu riporta la parola "Prerelease" nell'angolo in basso a destra dell'immagine principale. Solo otto delle carte Raichu hanno questo francobollo, per un valore di circa $ 10.000.
CoroCoro, una rivista che vendette Pokemon una volta, creò le carte Pikachu di Illustrator. Ha dato le carte, che hanno un'immagine di Pikachu che tiene un pennello, ai vincitori di un concorso di illustrazione di carte Pokemon. Esistono solo sei di queste carte. Le schede Pikachu di Ungraded Illustrator vendono per $ 20.000 e quelle con alto livello valgono molto di più.
La maggior parte delle carte Pokemon ha un'icona di rarità nell'angolo in basso a destra. Questa icona di rarità indica la frequenza con cui la carta appare nei busti di espansione.