Non è possibile viaggiare nello spazio esterno in Pok? mon Emerald. I giocatori visitano il Mossdeep Space Center nel corso del gioco ma non possono effettivamente imbarcarsi su un razzo per andare nello spazio.
La voce che è possibile andare nello spazio probabilmente è iniziata con il Pokémon Deoxys, che si dice provenga dallo spazio. Deoxys è ottenuto a Birth Island in questo gioco, tuttavia. I lanci dei test vengono condotti periodicamente alla stazione, e uno scienziato dà il conto corrente dei test riusciti, ma il giocatore non può parteciparvi in alcun modo. Il numero che lo scienziato dà corrisponde al numero di settimane trascorse dall'inizio della partita in corso.
Nel corso del gioco, Team Magma prende il controllo del Centro Spaziale e il giocatore deve ritirarlo da loro. Questo evento si verifica poco dopo che il giocatore guadagna il Distintivo mentale dalla Palestra di Mossdeep. Una volta che il Team Magma ha preso il controllo della struttura, il giocatore deve eliminare tutti i Team Magma Grunts dal primo piano. Una volta fatto, i giocatori possono passare al secondo piano dove si incontrano con Steven Stone. Stone si unisce al giocatore per una doppia battaglia contro Maxie e Tabatha.
