I progressi di un giocatore vengono automaticamente salvati alla fine di ogni capitolo o livello di "Indiana Jones" per Wii. I giocatori non possono salvare manualmente il gioco.
Durante un salvataggio automatico, un'icona a forma di cappello viene visualizzata nell'angolo in basso a destra dello schermo. Il cappello scompare quando il salvataggio è completo. Il gioco è memorizzato su blocchi gratuiti, o spazio di archiviazione, sulla Wii o sulla sua scheda di memoria. Qualsiasi progresso compiuto prima di raggiungere la fine di un capitolo o livello viene perso se il livello non è completato.
I giocatori possono caricare il gioco salvato selezionando l'opzione per caricare dal menu principale.
