L'alligatore si adatta al suo ambiente affidandosi alla sua pelle mimetizzata, alla posizione dei suoi occhi e delle sue narici, alla capacità delle orecchie di chiudersi e ai suoi organi specializzati. Sia i polmoni che il cuore del coccodrillo sono adattato a lunghi periodi di tempo trascorsi immersi nell'acqua.
Uno degli adattamenti dell'alligatore per il suo ambiente risiede nei polmoni e nel cuore specializzati che gli consentono di rimanere immerso in acqua in modo sicuro. I polmoni sono protetti da una struttura che impedisce all'acqua di penetrarvi anche quando la bocca è aperta. Il cuore è in grado di separare il sangue ossigenato e deossigenato e inviare il sangue ricco di ossigeno al cervello in modo che l'alligatore possa rimanere sott'acqua per lunghi periodi di tempo.
Anche gli occhi, il naso e le orecchie del coccodrillo si adattano al suo ambiente acquoso. Sia le sue narici sia gli occhi si trovano sulla sommità della testa in modo che possa rimanere quasi completamente sommersa e respirare ancora attraverso le narici. Quando gli occhi sono immersi, una membrana li protegge e consente all'alligatore di vedere.
Un altro adattamento è la pelle del coccodrillo. La colorazione grigia e le manopole e le protuberanze sul suo corpo gli permettono di mimetizzarsi con l'ambiente circostante, dando spesso all'alligatore l'aspetto di un tronco e permettendogli di avvicinarsi di soppiatto.
