La fermentazione della biomassa comporta l'abbattimento del glucosio all'interno del materiale organico per produrre etanolo. L'obiettivo finale è la produzione di etanolo con sufficiente concentrazione di alcol per alimentare le automobili, trovando anche usi per i sottoprodotti solidi. La fermentazione della biomassa è una strategia progettata per alimentare i veicoli senza utilizzare combustibili fossili.
La fermentazione comporta il cambiamento del glucosio o dei carboidrati all'interno di una pianta in un acido o alcol. Nel caso della fermentazione della biomassa, i tecnici aggiungono batteri o lieviti alla biomassa, consentendo loro di trasformare gli zuccheri in anidride carbonica ed etanolo. Quindi distillano l'etanolo, disidratandolo per ottenere una concentrazione maggiore, poiché i requisiti di purezza per il carburante del veicolo sono elevati. La fermentazione della biomassa crea anche sottoprodotti solidi che sono utili nella produzione di mangimi per il bestiame.
Per la produzione di etanolo, la biomassa più produttiva ha un alto contenuto di zucchero. Mais, patate dolci e canna da zucchero sono alcune delle piante più comunemente utilizzate, anche se possono essere utilizzati grano, riso, orzo, avena e persino rifiuti agricoli. I rifiuti agricoli, però, contengono lignina, che non fermenta ma è utile nella produzione di calore ed elettricità. L'uso della biomassa con lignina richiede più tempo a causa della maggiore complessità di convertirlo in zuccheri fermentabili.