Alcune delle differenze tra "Pacman" e "Pacman" includono l'aggiunta di una coppia extra di tunnel di curvatura in tre dei quattro labirinti di gioco. Inoltre, i labirinti stessi sono diversi dai giochi originali "Pacman".
Nei giochi "Ms. Pacman", i modelli di comportamento dei fantasmi sono diversi rispetto a "Pacman" e includono anche un elemento casuale nei movimenti dei fantasmi. Questo impedisce ai giocatori di memorizzare i pattern in cui i fantasmi si muovono, rendendo il gioco un po 'più difficile di "Pacman".
Anche i frutti nel gioco si comportano diversamente. Invece di spawnare nel centro della mappa, i frutti di "Ms. Pacman" rimbalzano lungo il labirinto in modo casuale, entrando ed uscendo dai tunnel di curvatura in ogni labirinto. Inoltre, una volta che tutti i frutti sono stati incontrati, si generano in modo casuale. Questo inizia all'ottavo round.
Sono state apportate modifiche anche all'animazione della morte di Ms. Pacman. Invece di ripiegarsi su se stessa e scomparire come Pacman, la signora Pacman gira semplicemente ogni volta che tocca un fantasma. Anche gli effetti sonori della sua morte sono cambiati, così come molti altri suoni nel gioco.
"Ms Pacman" ha un bug nelle sue subroutine che fa diventare il gioco ingiocabile dopo il 256 ° round. Tuttavia, numerosi altri bug appaiono molto prima durante il gameplay, rendendo improbabile che un giocatore raggiunga il 256 ° round senza l'uso dell'emulazione.