Le app gratuite da Amazon Appstore sono sicure da scaricare, a condizione che vengano scaricate direttamente dal negozio stesso. Queste app passano attraverso un processo di verifica simile a quelle su Google Play.
Sebbene le app da Amazon Appstore siano sicure, il processo di installazione introduce vulnerabilità di sicurezza agli utenti Android. Per installare le app, gli utenti devono modificare le impostazioni di sicurezza del dispositivo Android per installare app da fonti sconosciute, un processo noto come caricamento laterale. Una volta impostato, il dispositivo Android consente a un utente di installare un'app indipendentemente dalla sua origine, non solo da Amazon Appstore. Non esiste alcuna funzione Android corrente per consentire solo app da uno specifico marketplace.
La maggior parte del malware proviene da siti di terze parti, ma può anche essere inviato come allegati nelle e-mail. Di solito, un dispositivo Android difende l'utente rifiutando di installare qualsiasi applicazione che non proviene da Google Play. Tuttavia, questa funzione è disabilitata nel processo di installazione di app da Amazon Appstore, creando una vulnerabilità di sicurezza. Esistono migliaia di applicazioni Android dannose attualmente in circolazione e la maggior parte proviene da siti di terze parti.
Per evitare questo problema, gli utenti dovrebbero riattivare la funzione di sicurezza e disabilitare installazioni da fonti sconosciute non appena viene installata l'applicazione da Amazon Appstore. Questo protegge il dispositivo quando non carica le applicazioni previste.