Mentre entrambe le perle naturali e le perle coltivate sono reali, la loro creazione è la più grande differenza tra loro. Le perle naturali si trovano nelle vongole e nelle ostriche quando un irritante, come un granello di sabbia, entra nei gusci delle creature. Per protezione, il bivalve lo ricopre di nacre, una forma di carbonato di calcio. La madreperla protegge la vongola dall'intruso e forma strati nel tempo, creando una perla naturale all'interno del guscio.
I coltivatori di perle inseriscono deliberatamente semi, piccole perle o pezzi arrotondati di gusci di molluschi, in bivalvi di conchiglie di vongole per forzare la creazione di perle. Il processo di coltivazione richiede da uno a due anni per produrre una perla degna di mercato. Al contrario, le perle naturali impiegano molti anni a crescere in dimensioni desiderabili e possono costare fino a 10 volte di più rispetto ai loro cugini colti.
Quando ispezionate, le perle naturali hanno strati simili a cipolle causati da una crescita lenta. Le perle coltivate non hanno questa stratificazione, a causa della loro rapida crescita. I gioiellieri usano spesso questa assenza di strati per differenziare le perle naturali da perle coltivate.
I coltivatori di perle sono in grado di produrre perle di massa con qualità e colore costanti a un costo inferiore per gioiellieri e consumatori rispetto alle perle naturali. Le perle naturali hanno ancora un grande prestigio nel settore della gioielleria, ma i loro cartellini dei prezzi le rendono meno popolari nel mercato dei consumatori casual.