L'alligatore presenta molti adattamenti, tra cui la pelle mimetizzata, le dita palmate, la coda larga e gli occhi ben posizionati e le narici. Le mascelle muscolari e i denti affilati consentono all'alligatore di afferrare la preda e di strappare la carne .
L'alligatore è adattato alla vita in acqua con la sua grande coda e le sue dita palmate. La sua coda è piatta e funziona molto come un remo, spingendolo rapidamente attraverso l'acqua. Le dita parzialmente palmate aiutano a camminare attraverso le aree fangose senza affondare. Gli artigli potenti hanno molti usi, come aiutare l'alligatore a scavare nidi.
L'alligatore ha entrambi gli occhi e le narici che si trovano in cima alla sua testa. In questo modo, l'alligatore può rimanere quasi immerso nell'acqua mentre è ancora in grado di respirare. Inoltre, questo nasconde l'alligatore dalla vista di una possibile preda. Anche le parti del rettile che si trovano al di sopra dell'acqua sono ricoperte di pomelli e protuberanze che fanno sembrare l'alligatore come un innocuo pezzo di vegetazione.
Quando l'alligatore si immerge completamente, una membrana protettiva copre gli occhi in modo che possa vedere sott'acqua. Può anche chiudere le orecchie. L'alligatore ha una struttura speciale che si chiude sopra la trachea e mantiene i polmoni senza acqua quando si tuffa.