A partire da ottobre 2015, Target, Lego Store e Toys R Us vendono set di Lego Ninjago. I set Ninjago disponibili nei negozi vanno da insiemi piccoli a singola cifra a insiemi complessi di grandi dimensioni con molte figure costruire.
Tutti i set di Ninjago sono caratterizzati da personaggi ninja della serie Lego Ninja in pensione e un ambiente moderno rispetto al tema Feudal Japan di Ninja, inclusi elementi contemporanei come i veicoli. Giocatori e collezionisti usano i set Lego per costruire ambientazioni basate sulla serie televisiva e sui videogiochi di Lego Ninjago.
I set disponibili includono "Temple of Airjitzu", "Final Flight of Destiny's Bounty" e "Attack of the Morro Dragon". Il set "Temple" comprende l'eponimo edificio del tempio con elementi architettonici tradizionali giapponesi, il Blacksmith's Workshop e il mercato dei contrabbandieri con 12 statuette di personaggi Ninjago e armi di accompagnamento.
Il set "Volo finale" include i dirigibili del Destino del destino e del Drago del fantasma insieme a nove personaggi e una figura di Arciere del Sangue con armatura e armi fantasma. "Attack of the Moro Dragon" presenta un dirigibile dragone a pilota singolo con una sella a tema fantasma e sei figurine. Include anche la Tomba del Primo Spinjitzu Master con un regno di cristallo e varie armi, tra cui katana e spade, oltre a tavole di lancio per battaglie a mezz'aria.