Charles Krauthammer è nato a New York nel 1950 e da bambino si è trasferito con i genitori nel Canada francofono. Era sposato con il pittore e scultore Robyn Krauthammer e ha un figlio di nome Daniel che era nato nel 1986. Sia Charles che Robyn Krauthammer erano promotori della musica e della cultura ebraica e sono co-fondatori di "Pro Musica Hebraica", un'organizzazione culturale con sede a Washington. Entrambi hanno sempre avuto un interesse per la cultura e le tradizioni ebraiche. Il Dr. Krauthammer è morto il 21 giugno 2018 per cancro dell'intestino tenue.
Charles Krauthammer è cresciuto in una severa famiglia di ebrei ortodossi. Suo padre era di origine francese e sua madre era nata in Belgio. Decisero di trasferirsi da New York a Montreal quando Charles era giovane. Ha mantenuto una vita molto privata e raramente ha condiviso i dettagli sulla sua famiglia con il pubblico, con l'eccezione di alcuni riferimenti a suo figlio Daniel nel suo libro "Things That Matter". Ha sposato Robyn Krauthammer nel 1974 ed entrambi parlano correntemente l'ebraico. Insieme hanno gestito un'organizzazione culturale che organizza concerti per promuovere la musica ebraica. I due si incontrarono mentre frequentavano l'Università di Oxford in Inghilterra. A quel tempo, Robyn era uno studente ebreo-australiano che lavorava anche come impiegato di legge per l'ufficio del capo della giustizia.
