Gli svantaggi del biberon comprendono costi, preparazione, tempo e sforzo, l'attrezzatura necessaria e mancanza di anticorpi materni e benefici per la salute. Anche le opzioni di formula possono rivelarsi uno svantaggio perché ci sono così tante le scelte e i bambini potrebbero non tollerare la prima scelta dei genitori.
Il biberon può essere molto costoso. La formula stessa è costosa e molto è necessaria nel primo anno di vita di un bambino. I costi aggiuntivi includono acqua per l'infanzia, bottiglie, capezzoli, forniture per miscelare la formula in viaggio e scaldabiberon. I pennelli per la pulizia, i disinfettanti e le attrezzature per la sterilizzazione contribuiscono anche al rifornimento di biberon.
Ci vuole tempo e fatica per preparare le bottiglie. La formula deve essere mescolata, versata nella bottiglia e riscaldata prima che il bambino possa mangiare, e questa preparazione a volte si verifica con un bambino urlante e infelice in sottofondo. Dopo che il bambino mangia, tutta la bottiglia e i pezzi e le parti di miscelazione devono essere lavati e preparati per il loro prossimo utilizzo.
L'alimentazione artificiale da una bottiglia non fornisce al bambino alcun anticorpo materno fornito dal latte materno. Questi anticorpi aiutano a proteggere il bambino mentre il suo sistema immunitario è fragile. È importante notare che il latte materno alimentato attraverso una bottiglia dà ancora al bambino quegli anticorpi.
Viaggiare con un bambino allattato al biberon richiede l'imballaggio di una grande quantità di cose nella borsa per pannolini. Bottiglie, capezzoli, tappi, acqua, formula, misurini e scaldini devono andare ovunque il bambino vada. Inoltre, il bambino avrà bisogno di più bottiglie, capezzoli, tappi e acqua per le uscite che durano più di una volta.
Mentre ci sono molte scelte di formula, uno svantaggio sta nel fatto che il numero di scelte è così grande. Molti genitori scelgono una formula solo per scoprire che il loro bambino non può tollerare quella formula, e così provano un altro e un altro. Ci possono essere molti tentativi ed errori prima che venga trovata la giusta formula.