Uno degli svantaggi dell'utilizzo dello sviluppo di applicazioni congiunte è che le parti interessate possono affrontare le sfide sbagliate dello sviluppo di applicazioni perché hanno partecipato alla riunione impreparati. Allo stesso modo, la selezione delle persone che partecipano ai forum può alterare o distorcere i risultati. Se ciò accade, l'intero processo di sviluppo dell'applicazione potrebbe essere compromesso. Un altro svantaggio è che potrebbero esserci risorse insufficienti per la risoluzione dei problemi.
Joint Application Development (JAD) è un approccio allo sviluppo di sistemi incorporando l'esperienza dell'utente finale nel processo. I sostenitori dell'idea sostengono che una scarsa comunicazione tra gli sviluppatori di sistemi professionali e gli utenti del sistema rappresenta la metà di tutti gli errori di sistema. Nonostante gli svantaggi sopra menzionati, JAD ha aiutato i professionisti IT a sviluppare sistemi e applicazioni più efficienti. In particolare, il più grande vantaggio è che i partecipanti provengono da diversi dipartimenti di un'organizzazione. Il fatto che provengano da vari livelli di conoscenza significa che portano a soddisfare esigenze divergenti. Anche con gli svantaggi, questo approccio è stato definito come un eccellente metodo di risoluzione dei problemi. Impiega l'uso di strumenti di ricerca e comunicazione come interviste, focus group e questionari. Mentre le interviste sono lunghe e costose, è impossibile cogliere i segnali non verbali degli intervistati usando i questionari.
