Gli svantaggi di un'applicazione client-server includono la mancanza di affidabilità, strumenti maturi e scalabilità. Le applicazioni client-server o software eseguite su un computer client presentano anche gli svantaggi di costi e rischi maggiori della congestione della rete.
Poiché le applicazioni client-server effettuano richieste a un server remoto da un computer client, quando il server si arresta, le operazioni si interrompono. Inoltre, i sistemi operativi di rete come Windows NT Server non hanno scalabilità. Un altro svantaggio delle applicazioni client-server è che devono essere installati sul computer di ciascun utente. In alcuni casi, questo può essere semplice come utilizzare un'unità di rete condivisa. Tuttavia, può essere difficile quanto spendere ore installando e configurando il software e i componenti di runtime sul computer di ciascun utente.
I costi associati a un'applicazione client-server dipendono dal tipo. Le applicazioni client-server a due livelli dividono presentazione, elaborazione e dati in due unità, mentre le applicazioni a tre livelli suddividono l'interfaccia utente, la funzionalità e i dati in tre unità. Le applicazioni a tre livelli hanno costi di test e migrazione più elevati quando una modifica delle regole aziendali richiede una modifica dei parametri di chiamata. I costi di codifica, test e migrazione sono sempre maggiori nei sistemi a due livelli quando si confrontano i costi di passaggio da uno strumento di sviluppo client proprietario a un altro. Altri costi includono costi di rete, hardware e tempi di risposta.
