Ci sono molti codici GameShark per Metroid Fusion sul Game Boy Advance, secondo BS Free. Per inserire questi codici, la cartuccia di gioco deve essere inserita nel dispositivo GameShark e quindi inserita nel Game Boy Advance. Innanzitutto, inserisci il codice di abilitazione: "00000F6D 000A" e "100008B4 0007." L'inserimento di questi codici consente di attivare tutti gli altri cheat.
Per attivare il codice di invulnerabilità, inserisci "33001249 0001." Ciò causa a Samus di evitare danni durante il gioco. Arresta il timer evento inserendo "830008D8 00DA". Gli scatti più veloci sono abilitati inserendo "3300124E 0000". Questo codice consente a Samus di effettuare rapidi colpi di fuoco senza pause tra un colpo e l'altro.
Il codice "83001252 A001" consente una corsa veloce, consentendo a Samus di correre alla massima velocità senza fatica. Per abilitare il salto della luna, inserisci "74000130 03FE" e "83001260 0040". Il salto della luna dà a Samus un'aumentata altezza di salto drasticamente aumentata. Per missili infiniti, inserisci "83001314 03E7". Per avere i missili massimi, ma non illimitati, inserisci "83001316 03E7". Il codice "33001318 0063" arma Samus con un numero infinito di super bombe.
Se un giocatore cerca una forma di gioco extra-impegnativa, può trasformare tutti i missili e le bombe con il codice "3300131B 0000". Sblocca tutte le armi, i semi e le abilità speciali prima di ottenerle attraverso il gioco normale inserendo "4300131A FFFF" e "00000003 0002." Inserisci "820382E4 0000" per sospendere il timer di gioco e impostarlo su 00:00.
