Il Museo di Zoologia dell'Università del Michigan indica che i nemici principali, o predatori, dei pinguini imperatori sono gigantesche procellarie, skau antartici, foche leopardo e orche. Petrelli e skuas, entrambi uccelli da freddo, nutrirsi di pulcini all'interno di colonie di pinguini. Le stime suggeriscono che dal 7 al 34 per cento dei pulcini diventano preda.
Le foche del leopardo cacciano i giovani pinguini quando vanno al mare, ma anche gli imperatori adulti sono bersagli. Le orche tendono a catturare uccelli completamente cresciuti. I pinguini imperatori tengono d'occhio i predatori e avvertono gli altri nelle loro colonie quando si avvicina il pericolo. Inoltre, il National Geographic afferma che quando i pinguini imperatori sono nell'acqua, sono capaci di improvvisi, brevi lampi di velocità che li aiutano a eludere i sigilli.
