I cuori rettili, in gran parte simili ai cuori degli anfibi, sono a tre camere e forniscono una moderata separazione del sangue ossigenato e deossigenato con i loro due atri, uno che riceve sangue ossigenato e uno che riceve sangue deossigenato dai polmoni. Il ventricolo del cuore dei rettili continua a mescolare sangue ossigenato e deossigenato, il che significa che non è robusto o efficiente come un cuore di mammifero.
La separazione del sangue avviene perché l'arrivo del sangue è temporizzato in modo indipendente attraverso gli atri. Se il sangue arriva attraverso entrambi gli atri contemporaneamente, allora si verifica la miscelazione, ma questo può essere in misura maggiore o minore a seconda della temperatura corporea e dello stato di attività dell'animale.
Una volta che il sangue raggiunge il cono arterioso, viene disegnato lungo i tre canali del truncus arterioso, l'ingresso al sistema circolatorio, e quindi procede a muoversi attraverso il resto del corpo rettile. Il cono conduce a tre sistemi distinti, il sistema polmonare del tronco e il sistema di tronco sistemico sinistro e destro.
I cuori dei mammiferi sono orientati verso un'attività costante e alti livelli di movimento e sforzo, mentre i cuori di rettile funzionano meglio a brevi raffiche e richiedono che l'animale riposi frequentemente e lavori per controllarne la temperatura corporea. Livelli più bassi di ossigeno nel sangue rendono i rettili pigri e inclini al sonno.
