L'obiettivo di Clue Jr. è scoprire quale bambino si nasconde in quale stanza con quale animale domestico. Per risolvere il mistero, un giocatore deve visitare tutte le stanze, aprire le porte per trovare indizi nascosti e attraversare i bambini, gli animali domestici e le stanze che trova lì dal suo taccuino. Ogni volta che un elemento viene cancellato dalla lista, viene eliminato un bambino, una stanza o un animale domestico.
Un giocatore fa girare la ruota del numero nel suo turno e muove il suo pezzo il numero corretto di spazi in qualsiasi direzione. Quando atterra su un tappeto fuori da una delle stanze, può aprire la porta. Qualsiasi oggetto visto lì dovrebbe essere cancellato dal suo taccuino. Rimane lì fino al suo prossimo turno, quando può girare e muoversi di nuovo. Quando atterra su una scala segreta di passaggio, si muove attraverso il passaggio ed esce dallo spazio sull'altro lato del tabellone.
I giocatori continuano a girare a turno fino a quando un giocatore non ha un solo bambino, una stanza e un animale domestico rimasti sul suo taccuino. Il giocatore dovrebbe dire agli altri giocatori l'animale domestico, il bambino e la stanza che rimangono sul suo taccuino. Se questi corrispondono alle carte nella porta trasparente blu del rivelatore, lei vince. Se non corrispondono, lei è fuori dal gioco e il gioco continua fino a quando un altro giocatore non indovina correttamente.
