I serpenti respirano muovendo i muscoli che circondano la gabbia toracica. Mancano il diaframma che guida il processo respiratorio dei mammiferi. Una contrazione muscolare spinge l'aria fuori dai polmoni. Quando i muscoli si rilassano, i polmoni si riempiono di aria.
Il lavoro di scambio di anidride carbonica per l'ossigeno nel processo respiratorio del serpente dipende dal polmone destro. È più lungo della sinistra e si trova più vicino alla bocca. In alcune specie di serpenti, il polmone sinistro è solo leggermente sviluppato e non svolge alcuna funzione essenziale. Tuttavia, il polmone sinistro dei serpenti d'acqua aiuta a regolare la pressione all'interno dei loro corpi mentre nuotano. Tra un respiro e l'altro, un serpente può fermarsi per alcuni minuti.