L'oggetto di "Clue Jr .: Il caso della torta mancante" è di navigare tra gli indizi per identificare chi ha mangiato la torta, quando la torta è stata mangiata e quale bevanda è stata consumata con la torta. Il gioco è consigliato per 2-6 giocatori dai 5 agli 8 anni, ed è composto da un tabellone di gioco, pedine personaggio e mobili, uno spinner, basi giocatore, carte misteriose e un blocco note da detective.
I giocatori iniziano scegliendo un motore o la base del giocatore e posizionandolo sul colore corrispondente sul tabellone. Il primo giocatore gira lo spinner e sposta in avanti il numero di spazi visualizzati sullo spinner. Se i giocatori atterrano su uno spazio già occupato, lo spazio viene saltato o i giocatori possono scegliere di aspettare per sbirciare nella stanza sul tabellone. Quando atterrano su uno spazio adiacente a una stanza, i giocatori possono sbloccare il buco della serratura e scoprire gli indizi nella stanza. Usando il blocco note del detective, i giocatori dovrebbero annotare indizi e congetture mentre si muovono attorno al tabellone. Una volta che un giocatore è pronto a indovinare chi ha mangiato la torta, dove è stato mangiato e quale bevanda è stata consumata, quel giocatore deve annunciare l'ipotesi e avere la possibilità di visualizzare la carta misteriosa per vedere se l'ipotesi è corretta. Se l'ipotesi è corretta, il giocatore vince la partita. In caso contrario, il giocatore deve rimettere la carta, e il gioco riprende con gli altri giocatori.