Il modo migliore per pulire le linee di sciroppo di una fontana di soda è lavare il sistema di tubi con una soluzione detergente da banco priva di candeggina. La candeggina corrode la plastica nei tubi e può causare problemi di salute. Queste soluzioni detergenti sono progettate come sacchetti in una scatola, che sono simili alle scatole di sciroppo utilizzate nelle fontane di soda.
I sacchetti di alimentazione per sciroppo sono agganciati alle provette del dispensario utilizzando un adattatore BIB. Questo stesso adattatore viene utilizzato per collegare soluzioni di pulizia in scatola al sistema di tubi per soda. Questo processo di pulizia funziona esattamente allo stesso modo di quando la macchina per la soda sta erogando lo sciroppo. La soluzione detergente è collegata alla fontana di soda dove vengono conservati normalmente i sacchetti di alimentazione dello sciroppo. Quindi la leva sulla parte anteriore dell'erogatore di soda deve essere abbassata, consentendo alla soluzione di pulizia di lavare il sistema. La soluzione detergente deve essere fatta passare attraverso il sistema a valvole per 15-20 minuti.
Time Magazine ha pubblicato una storia che sottolineava la necessità di pulire e sciacquare regolarmente i sistemi di tubi di sciroppo con soda. L'articolo afferma che dopo aver condotto uno studio su 30 diversi sistemi di soda fountain in Virginia, il 48 per cento è risultato contenere batteri coliformi, normalmente associati a feci umane e animali.