J.J. Il modello atomico atomico di Thomson era chiamato Plum Pudding Atomic Model, ed era basato sull'idea che gli elettroni sono particelle caricate negativamente attraverso l'atomo caricato positivamente. Mentre Thomson aveva ragione sull'esistenza degli elettroni, era sbagliato su dove si trovano all'interno dell'atomo.
Thomson ha paragonato il modo in cui gli elettroni sono sparsi per tutto l'atomo all'uva passa di un budino di prugne. Questa teoria suggeriva che le cariche negative e positive nell'atomo esistevano nella stessa sfera di esistenza, ma fu solo nel 1911 che fu scoperta la posizione del nucleo che ospitava queste cariche. L'uomo che scoprì il nucleo, Ernest Rutherford, era uno studente di Thomson in una volta e stava effettivamente testando la teoria di Thomson quando fece la sua scoperta: invece di essere sparsi per tutto l'atomo, gli elettroni orbitano attorno a un nucleo caricato positivamente. Una volta che Rutherford aveva scoperto che le particelle nel foglio erano in grado di deviare le particelle di H2 + nel 1911, il modello del budino di prugne fu messo da parte per il modello di Rutherford. Thomson ha anche abbandonato il proprio modello per supportare il modello di Rutherford.
Durante tutta la carriera di Thomson, ha tenuto un certo numero di posizioni distinte a causa delle sue scoperte. Fu nominato cavaliere nel 1908 dalla famiglia reale britannica oltre a un premio Nobel nel 1906. Anche se la teoria del budino di prugne di Thomson fu smentita, molti degli elementi delle sue scoperte come gli elettroni furono fondamentali per trovare e costruire il modello che è usato attualmente.