I funerali di Annette Funicello sono stati condotti alla Cherished Memories Memorial Chapel di Bakersfield, in California. È stata una cerimonia privata. Alcuni resoconti affermano che Funicello fu effettivamente sepolta al Forest Lawn Memorial Park a Hollywood Hills, in California, ma questi rapporti sono stati contestati.
Ms. Funicello aveva 70 anni quando è scomparsa dalle complicazioni legate alla sclerosi multipla, una malattia in cui il sistema immunitario mangia la copertura protettiva dei nervi. Funicello ha annunciato pubblicamente la sua mancanza di salute nel 1992. I segni che potrebbero aver indicato che Funicello stava cominciando a soffrire di SM erano evidenti già nel 1987, quando Funicello aveva avuto alcuni episodi di vertigine mentre lavorava con l'attore Frankie Avalon. Non ha affrontato la questione in quel momento.