I pipistrelli hanno gli occhi. I moscerini hanno occhi molto grandi che li aiutano a navigare nell'oscurità più profonda e a trovare i loro cibi preferiti. È solo il gruppo di pipistrelli noto come Microchirotteri che si basano principalmente sull'ecolocalizzazione, ma anche questi pipistrelli hanno gli occhi.
Anche se i pipistrelli Microchirotteri non si affidano alla visione tanto quanto altri animali, i loro occhi sono ancora presenti e funzionali. Questi pipistrelli utilizzano le loro esclusive capacità di ecolocalizzazione per percepire il mondo che li circonda, ma usano ancora la visione per aiutarli quando gli stimoli di ecolocalizzazione sono confusi o difficili da individuare a causa del rumore di fondo. I pipistrelli della frutta, d'altra parte, usano la vista e l'olfatto piuttosto che sentire i loro sensi primari. Entrambi i gruppi di pipistrelli hanno una visione notturna molto buona ma una scarsa acuità visiva, simile a quella di un topo o di un cane nella migliore delle ipotesi. Solo i pipistrelli della frutta sembrano avere una visione a colori, come indicato dalla presenza di speciali cellule sensibili al colore nelle loro retine.
