I pipistrelli sono comunemente predati da altri animali notturni come gufi e falchi che possono volare silenziosamente inosservati e catturarli mentre sono ancora in volo. I serpenti sono anche un altro predatore ben camuffato di pipistrelli che mangiano la frutta.
I pipistrelli possono essere particolarmente vulnerabili ai serpenti quando sono appollaiati in case di pipistrelli accessibili. I serpenti sono abili scalatori con la capacità di stendersi in attesa all'apertura delle grotte dei pipistrelli. Le donnole, i procioni, i visoni e persino alcune tarantole sono cacciatori opportunisti che trovano anche i pipistrelli un pasto gustoso.
Tuttavia, l'uomo è la più grande minaccia per i pipistrelli. La trappola, l'invasione umana e la conseguente distruzione dell'habitat hanno causato un tributo. In alcuni paesi in cui i pipistrelli sono considerati una fonte di cibo vitale, la caccia rappresenta una seria minaccia per le popolazioni di pipistrelli.
