Esistono diversi modi per contare le colonie batteriche che crescono in una capsula di Petri, dal conteggio semplice a mano, a macchinari complessi progettati per misurare elettronicamente la crescita della colonia . A seconda del numero di piastre di Petri che devono essere contate e della frequenza delle misurazioni, i diversi utenti trarranno vantaggio da diversi metodi di conteggio.
Il conteggio a mano è appropriato per la maggior parte delle impostazioni di laboratorio, poiché l'unica risorsa richiesta è il tempo. È sia economico che facile; chiunque sia in grado di contare e registrare i punti osservati nella piastra di Petri è in grado di contare le colonie tramite questo metodo. Esistono alcuni strumenti semplici, tra cui marcatori e contatori gestiti da clic manuali, che possono aiutare nel processo di registrazione. Lo svantaggio del contare a mano è che richiede tempo e può essere soggetto a errori umani.
Esistono macchine progettate specificamente per misurare il numero di colonie presenti in una capsula di Petri. Queste macchine forniscono agli utenti un output che include numeri di conteggio e crescita in un determinato periodo di tempo. L'utilizzo delle macchine di conteggio è utile nell'ambiente di laboratorio in cui il tempo viene impiegato in attività diverse dal conteggio manuale e in cui la precisione è di estrema importanza. I lati negativi dell'utilizzo di macchine di conteggio includono spese e funzionalità potenzialmente limitate del dispositivo, oltre ai semplici scopi di conteggio.