La stitichezza non è un effetto collaterale associato alla formula di soia. La formula di soia è un trattamento per la stitichezza nei neonati. Il National Institute of Health classifica la formula del latte di soia come una sostanza di minimo interesse per quanto riguarda gli effetti collaterali.
Oltre al suo uso per la stitichezza, la formula di soia è prescritta ai bambini con allergie al latte. Il tre percento dei neonati negli Stati Uniti ha allergie al latte e la maggior parte alla fine li supera. Il latte di soia è il trattamento più comune per questa allergia ed è nutrizionalmente equivalente alla formula del latte vaccino. La formula della soia comprende il 12% di tutte le vendite di formula negli Stati Uniti a partire dal 2014, il che rappresenta una diminuzione del 50% delle vendite rispetto al picco del 1999.
L'unico effetto collaterale documentato della formula di soia negli esseri umani è l'effetto che ha su coloro che soffrono di allergia alla soia. Studi su animali mostrano una correlazione tra l'assunzione elevata di soia e la pubertà precoce a causa dell'aumento dei livelli di estrogeni, ma questo risultato non è confermato negli esseri umani. Il National Institute of Health e il Dipartimento americano dell'agricoltura citano entrambi gli studi a lungo termine come prova che la formula della soia è un'alternativa sicura alla formula del latte vaccino anche se entrambe le agenzie incoraggiano i genitori a nutrire i lattanti con latte materno invece di latte artificiale quando possibile.