Alcuni pomodori diventano neri sul fondo a causa del marciume finale, che è il risultato di una carenza di calcio durante la formazione. Questo è più comune nel giardinaggio di contenitori; tuttavia, può verificarsi con qualsiasi tipo di giardinaggio.
La carenza di calcio si verifica a causa di innaffiature inconsistenti, troppo irrigazione o concimazione troppo o troppo poco. Con poca acqua, il terreno diventa troppo secco e la pianta non può raccogliere abbastanza calcio dal terreno per il pomodoro. Troppa acqua annega in sostanza la pianta e rende incapace di elaborare i nutrienti dal terreno. I pomodori sono alimentatori pesanti e hanno bisogno di una quantità decente di fertilizzanti per continuare a crescere, ma troppi fertilizzanti possono ucciderli. Seguendo le linee guida corrette per la coltivazione dei pomodori, si può evitare la putrefazione della fioritura.