L'acqua può sporcarsi quando c'è una mancanza di manutenzione nel sistema del pozzo, che può portare al deterioramento. I pozzi potrebbero dover essere puliti, e poiché alcune persone non lo fanno mai, l'acqua può diventare sporco.
Questo può accadere in pochi anni se il pozzo non viene pulito correttamente. Troppo ferro, manganese e gas idrogeno solforato possono causare la contaminazione dell'acqua di pozzo. Le persone che hanno questo problema possono notare un odore sgradevole proveniente dal loro sistema idrico. Questo può diventare un problema significativo, riempiendo una casa con un profumo fognario o di zolfo.
I pozzi possono anche essere contaminati da batteri, come coliformi e altri tipi di batteri. Un numero di placche eterotrofo può essere utilizzato per scoprire quanti batteri si trovano nell'acqua. Anche se questo test non può essere molto specifico, fornisce una buona sintesi dello stato del pozzo.
Quando i batteri diventano un problema, i pozzetti devono essere puliti e decontaminati. Se ciò non viene fatto, il pozzo diventa un terreno fertile per i batteri. I batteri possono entrare nei vestiti che vengono lavati, così come i piatti, gli elettrodomestici e il corpo delle persone quando cercano di fare la doccia. Questo non è solo sporco, è malsano, in quanto questi batteri possono causare malattie.