I giaguari sono in pericolo a causa della distruzione degli habitat, della caccia e della persecuzione da parte degli allevatori di bestiame. Sono in pericolo solo in alcune parti della loro gamma, come Stati Uniti, Messico e El Salvador. Hanno alcune popolazioni stabili, ma lo sviluppo umano li minaccia ovunque.
I giaguari preferiscono le foreste umide tropicali delle pianure, ma si trovano anche nelle paludi, nelle boscaglie e in altri ambienti. Sono membri chiave dei loro ecosistemi e sono predatori di punta in tutto il loro habitat. Sono molto diffusi, ma occupano solo il 46% della loro portata storica a partire dal 2014. I loro unici predatori principali sono gli umani, sebbene i giovani giaguari siano vulnerabili ad altri predatori e siano totalmente dipendenti dalla loro madre per la protezione.