Le scimmie ragno sono in pericolo principalmente a causa della perdita dell'habitat e della caccia. Il loro lento tasso di riproduzione li rende anche vulnerabili, poiché una scimmia ragno ha un solo bambino ogni due o quattro anni.
La perdita dell'habitat delle scimmie ragno si verifica a causa del disboscamento delle foreste e della compensazione per l'uso della terra come l'agricoltura taglia-e-brucia, l'allevamento del bestiame e l'agricoltura commerciale per colture come caffè, cacao e soia. Le piantagioni di legname sostituiscono le foreste indigene. L'estrazione di bauxite, argilla, granito e sabbia provoca la deforestazione, l'erosione e l'inquinamento delle risorse idriche. La raccolta illegale di palma decima intere bancarelle di palme. Autostrade, terreni agricoli e aree urbane interrompono gli habitat, e poiché preferiscono la vecchia crescita ed evitare le aree disturbate, le scimmie ragno non rispondono bene alla frammentazione degli habitat. In alcune zone, le scimmie ragno sono cacciate per lo sport e per il cibo. Vengono anche catturati per traffico di animali domestici.
A partire dal 2014, gli sforzi per proteggere le scimmie ragno comprendono ricerche sulle dimensioni e lo stato delle popolazioni attuali, l'efficacia delle aree protette e l'entità del bracconaggio. Un certo numero di parchi nazionali, parchi statali e aree di protezione ambientale sono stabiliti in paesi sudamericani come Brasile, Colombia, Ecuador, Perù e Venezuela. Tuttavia, in alcune zone, la presenza di ribelli politici e militari e la mancanza di guardie forestali rendono problematica l'applicazione.
