Le specifiche del file system NTFS consentono la crittografia completa dei dati, che offre agli utenti una protezione efficace contro l'accesso non autorizzato ai dati; solo chi ha una password può decifrare i dati. Sulle piattaforme Windows, FAT32 supporta solo una gestione dei permessi rudimentale su cartelle condivise, mentre NTFS offre una gestione avanzata delle autorizzazioni.
Mentre i singoli file possono essere crittografati su qualsiasi file system, NTFS supporta la crittografia a livello di sistema. Ciò offre agli utenti un modo per garantire che i documenti importanti siano protetti, quindi errori nel protocollo di crittografia o vulnerabilità nel software di crittografia non possono causare vulnerabilità.
Il supporto per i modelli di autorizzazione con FAT32 varia in base al sistema operativo di destinazione, ma i sistemi operativi Windows in genere consentono solo la gestione dei permessi a livello di rete per le cartelle condivise. Su sistemi multiutente, gli utenti che cercano di proteggere le proprie informazioni da altri utenti devono crittografare i propri dati.
Oltre a fornire una maggiore sicurezza contro gli accessi non autorizzati, NTFS offre anche una maggiore sicurezza di integrità dei file rispetto a FAT32. NTFS memorizza un registro delle transazioni di dati; le voci vengono memorizzate prima che le informazioni vengano spostate, cancellate o copiate. Se il computer dovesse perdere energia durante questa transazione, il registro può aiutare a ripristinare le informazioni perse e completare l'attività. Le partizioni FAT32, d'altra parte, sono vulnerabili alla corruzione dei dati. Questa corruzione è spesso risolvibile, ma i dati possono ancora andare persi.
