Le meduse si possono trovare negli oceani di tutto il mondo, e alcuni addirittura vivono nei laghi di acqua salata. In generale, le meduse preferiscono le temperature calde delle acque tropicali, anche se ci sono alcune specie che vivono nel freddo o anche acque gelide nell'Artico e nell'Antartico.
Le meduse possono vivere in molte zone diverse dell'oceano e vanno dall'oceano aperto all'acqua vicino alla costa. Possono sopravvivere a diverse profondità, a seconda della specie, con alcuni che vivono nelle profondità più profonde e scure dell'oceano e altri che vivono più vicino alla superficie.
Nessuna vera medusa dimora in acqua dolce. Qualsiasi specie che viene definita una medusa d'acqua dolce è in realtà idrozoo.
La maggior parte delle meduse esiste ben al di sopra del fondo oceanico, fluttuando con il plancton, sebbene ci siano specie che passano la vita sul fondo dell'oceano. Alcuni non sono in grado di nuotare e usano i loro tentacoli per "camminare" attraverso il fondo dell'oceano. Altri migrano avanti e indietro sulla superficie durante il giorno e poi si ritirano di nuovo nelle profondità durante la notte. Se una medusa viene rimossa dall'acqua, collassa e perisce, poiché l'acqua fornisce al suo corpo il supporto strutturale necessario.
Alcune specie di meduse sono conservate negli acquari. Sebbene l'illuminazione colorata e gli sfondi a contrasto facciano apparire le meduse splendenti, molte di esse sono in realtà così trasparenti che sarebbero difficili da vedere in natura. Poiché le meduse dipendono dalle correnti d'acqua per spostarle, le esibizioni di meduse professionali devono utilizzare pompe precise per mantenere l'acqua in movimento, impedendo alle meduse di rimanere intrappolate negli angoli.