Parte della vegetazione naturale del Perù include monocotiledoni, dicotiledoni, piante a cuscino come Oxychloe andina, alberi come Buddleja coriacea e praterie come Blechnum loxense. Circa il 40 percento del terreno in Perù è coperto dalle Ande. Il resto del paese presenta le foreste e le giungle della regione del Rio delle Amazzoni.
Si stima che 21.462 specie vivano nel paese, con 5.855 endemiche del Perù. Una delle principali ecoregioni in Perù è la regione centrale andina umida del Puna, che si trova nelle montagne andine del Perù e della Bolivia. È stato stimato che tra 1.000 e 1.500 piante vascolari si trovano in questa regione del Perù. I monocotiledoni comprendono circa il 40% della vegetazione. La gigantesca pianta di raimondii di Puya cresce vicino a Huarez ed è considerata una delle piante più note del Perù.
Nelle zone umide delle Ande, gli scienziati hanno scoperto la pianta di Senecio sanmarcosensis, sconosciuta prima del 2009. I cactus crescono lungo la costa del Perù e nelle Highlands. Un'altra vegetazione trovata in Perù comprende orchidee, muschi, palme, piante a baldacchino e erba di ichu.
