A causa della sua varietà di terreni ed ecosistemi, il Perù ospita 500 specie di mammiferi, tra cui puma, giaguari, orsi dagli occhiali, scimmie lanose dalla coda gialla, lama, alpaca e vigogna. Inoltre ai mammiferi, il Perù ha 1800 specie di uccelli e 300 specie di rettili.
Delle 500 specie di mammiferi in Perù, 70 sono endemiche e quasi 100 sono minacciate o in via di estinzione. Tra le rare specie endemiche figurano il giaguaro, l'orso dagli occhiali e la scimmia lanosa dalla coda gialla.
La foresta pluviale del Perù fa parte della foresta pluviale amazzonica, che ospita molte rare specie di uccelli, rettili e mammiferi che non si trovano da nessun'altra parte. Sulla costa del Pacifico del Perù, molte specie si sono adattate a vivere in un clima desertico secco. Le acque costiere del Pacifico sostengono la vasta vita di pesci e uccelli marini, tra cui il pinguino di Humboldt. Il Perù è anche conosciuto per le sue montagne. Queste montagne sostengono la crescita di molte erbe e piante che servono da cibo per lama, alpaca e vigogna. I mammiferi che vivono in Perù si sono adattati a vivere in alta quota.
Nel 2007, gli scienziati hanno scoperto una nuova specie di roditore da foresta-nuvola in Perù. È strettamente correlato al ratto spinoso. A partire dal 2014, gli scienziati continuano a scoprire nuove specie nei vari ecosistemi del Perù.
