Lo scopo della cromatografia su carta è quello di separare una miscela nei suoi vari componenti. Utilizzare un campione che è una miscela di diversi componenti altamente colorati, come inchiostro o pigmenti fogliari, consente allo scienziato di vedere i componenti mentre si separano. Con campioni che non mostrano colori, sono necessari altri mezzi di rilevamento.
L'idea alla base della cromatografia è che le diverse sostanze chimiche si muoveranno attraverso substrati diversi a velocità diverse. Pertanto, se la colonna è sufficientemente lunga, è possibile separare le diverse sostanze, sia per il frazionamento che per l'analisi. Mentre gli scienziati usano tipi avanzati di cromatografia con attrezzature specializzate, processi simili consentono agli scienziati junior di sperimentare a casa. I filtri del caffè tagliati a strisce costituiscono un mezzo ideale per esercitare le abilità cromatografiche. About.com suggerisce di utilizzare il gesso bianco come mezzo per separare inchiostro o colorante alimentare in vari componenti usando l'alcol per sfregamento come solvente. Una volta che il gesso si asciuga, scrive con i diversi colori.
La cromatografia su carta consente all'utente di posizionare un punto di una sostanza nota accanto a uno sconosciuto al fine di determinare se i due sono uguali per i modi in cui i colori si separano. In modo simile, la cromatografia trova impiego in molti campi diversi, tra cui test medici, ricerca scientifica, analisi chimiche e industria.